Ekowisata Kelimutu adalah paket lain yang ditawarkan TN Kelimutu dalam travel mart di Festival TN & TWA di Nusa Dua kemarin. Berwisata di Kelimutu adalah sebuah kegiatan wisata ekowisata (ecotourism) yang telah cukup lama dilaksanakan dan dibangun melalui program CBT (Community Based Tourism) yg dinisiasi oleh Swisscontact sebuah yayasan independen Swiss yang berusaha mempromosikan pertumbuhan ekonomi berkelanjutan di negara-negara berkembang. 
Khusus di sekitar Kelimutu program ini dilaksanakan di Desa Waturaka melalui Kelompok Sadar Wisata (Pokdarwis) desa tersebut. Bersama TN Kelimutu dan beberapa pihak lain membantu masyrakat dalam penguatan kelembagaan dan mendorong promosi pariwisata yang sebelumnya tidak bisa dilakukan oleh warga lokal.Dalam ekowisata prinsipnya adalah mengajak pengunjung wisata menjadi bagian dari ekosistem yang ada di daerah tersebut. Bukan merupakan outsider yang Ada masuk ke dalam sebuah sistem. 
Aktifitas pengunjung yang dilakukan antara lain menginap di homestay masyarakat, melakukan kegiatan keseharian masyarakat seperti ke sawah, menjemur atau menumbuk padi sambil berinteraksi dengan masyarakat serta tentu saja mengunjungi objek-objek wisata yang ada di sekitar.Sampai saat ini setelah program Swisscontact berakhir di tahun 2017, masyarakat terus melanjutkan kegiatan yang telah berjalan dan Balai TN Kelimutu terus berusaha mengembangkan kegiatan dan lokasinya dengan semangat harmoni alam dan budaya di desa-desa penyangga lain di TN Kelimutu.