Penetapan Taman Nasional Kelimutu melalui proses sejarah yang cukup panjang, Sejarah Penunjukan dan Penetapan Batas Kawasan Taman Nasional Kelimutu dapat diuraikan sebagai berikut:

1. Penunjukan berdasarkan Surat Keputusan Residen van Timor en Onderhoorigheden ZB, tanggal 10 Desember 1930 nomor IV dan ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan ZB tanggal 15 Agustus 1932 nomor 92/LK yang dipancang batasnya pada tahun 1932, di dalamnya terdapat danau tiga warna yang disebut Danau Kelimutu.
2. Gubernur Kepala daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur melalui SK. No. 45/BKLH/Tahun 1982 tanggal 30 Maret 1982 menunjuk Kawasan Hutan Sokoria seluas ± 5000 Ha yang terletak di Kabupaten Tingkat II Ende sebagai Hutan Wisata yang selanjutnya diberi nama : Taman Wisata Kelimutu.
3. Menteri kehutanan dengan Keputusan No.89/KPTS-II/1983 tanggal 2 Desember 1983 telah menunjuk areal hutan di Propinsi Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur seluas ± 1.667,962 Ha sebagai kawasan hutan tetap, diantaranya terletak di Kelompok Hutan Sokaria (RTK.52) Pulau Flores.
4. Kawasan hutan tersebut butir 1, telah dilakukan pemancangan batas hutan dilapangan pada Bulan Desember 1983 s/d Januari 1984 yang hasilnya dituangkan kedalam Berita Acara Pengumuman Pemancangan Batas Hutan dari Kelompok Hutan Sokaria (RTK.52) tanggal 1 Februari 1984.
5. Dengan adanya pengumuman batas tersebut butir 3 dan tidak adanya klaim dari masyarakat atas pengumuman tersebut, kemudian pada tanggal 19 Juni 1984 Panitia Tata Batas menandatangani Berita Acara Tata Batas dari Kelompok Hutan Sokaria (RTK.52) Wilayah Kabupaten Tingkat II Ende.
6. Menteri Kehutanan melalui Surat Keputusan No. 185/KPTS-II/1984 tanggal 4 Oktober 1984 menunjuk Danau Kelimutu dan Kawasan Hutan disekitarnya seluas ± 5000 Ha yang terletak di Daerah Tingkat II Ende Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur sebagai Hutan Suaka Alam cq Cagar Alam seluas 16 Ha, dan sebagai Hutan Wisata cq Taman Wisata seluas ± 4.984 Ha.
7. Pada Tanggal 6 Maret 1985, Menteri Kehutanan mengesahkan Berita Acara Tata Batas tersebut butir 4.
8. Menteri Kehutanan melalui Surat Keputusan No. 279/KPTS-II/1992 tanggal 26 Februari 1992 merubah fungsi dan menunjuk Cagar Alam Danau Kelimutu dan Taman Wisata Kelimutu di Kabupaten Dati II Ende, Propinsi Tingkat I Nusa Tenggara Timur seluas ± 5000 Ha menjadi Taman Nasional dengan nama “Taman Nasional Kelimutu”.
9. Penetapan pengukuhan kawasan Taman Nasional Kelimutu sesuai hasil tata batas 1984 seluas 5.356,5 Ha berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan No.679/KPTS-II/1997 tanggal 10 Oktober 1997.
10. Keputusan Dirjen PHKA No.SK69/IV-Set/HO/2006 tanggal 3 Mei 2006 tentang penunjukkan 20 (duapuluh) Taman Nasional sebagai Taman Nasional Model.
11. Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: SK.515/Menhut-II/2011 tanggal 8 September 2011 tentang Perubahan Kepmenhut Nomor: 679/Kpts-II/1997 tentang Penetapan Kelompok Hutan Sokoria (RTK 52) P. Flores seluas 5.356,5 ha terletak di Kabupaten Ende DT I NTT sebagai Kawasan Hutan Tetap dengan Fungsi Taman Nasional dengan nama Taman Nasional Kelimutu.

Keputusan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor: SK.754/MENHUT-II/2011 tanggal 30 Desember 2011 tentang Penetapan Wilayah Kesatuan Pengelolaan Hutan Konservasi (KPHK) Taman Nasional Kelimutu yang Terletak di Kabupaten Ende Provinsi Nusa Tenggara Timur seluas + 5.356,5 (Lima Ribu Tiga Ratus Lima Puluh Enam dan Lima Puluh Perseratus) Hektar.

MAKNA FILOSOFIS LOGO TAMAN NASIONAL KELIMUTU

1. Tulisan Taman Nasional Kelimutu, Ende-Flores

Untuk mengangkat nama lokasi secara administratif bahwa Taman Nasional Kelimutu berada di kabupaten Ende, Pulau Flores, Provinsi Nusa Tenggara Timur.

2. Tiga danau kawah dengan warna yang berbeda

Danau Kelimutu terdiri dari tiga buah danau kawah yaitu Tiwu Ata Polo, Tiwu Nuwamuri Ko’ofai, dan Tiwu Ata Bupu. Masing-masing danau memiliki warna yang selalu berubah-ubah. Adapun warna Tiwu Ata Polo berwarna merah, Tiwu Nuwamuri Ko’ofai berwarna biru, dan Tiwu Ata Bupu berwarna hijau melambangkan keunikan perbedaan dan perubahan warna yang terjadi.

3. Burung

Burung yang dimaksud adalah Burung Garugiwa (Pachycephala nudigula) yang merupakan satwa khas Kelimutu. Burung ini memiliki suara kicauan yang indah dan terdengar di seluruh penjuru kawasan saat masuk ke dalam Taman Nasional Kelimutu terutama pagi hari. Walaupun burung ini tidak termasuk satwa dilindungi tetapi menjadi ikon satwa Taman Nasional Kelimutu. Selain endemik Kelimutu, dalam konteks budaya, burung ini juga dipercaya oleh masyarakat Lio sebagai burung arwah leluhur mereka.