Lio sesungguhnya adalah suatu kesatuan teritorial atau wilayah di Flores Tengah yang berbatasan dengan Nagekeo di sebelah Barat dan Sikka di sebelah Timurnya. Manusia yang mendiami wilayah itu telah menamakan dirinya “Ata Lio” yang berarti Manusia atau Orang Lio. Ata Lio kemudian bergabung dengan kelompok etnis Ende dalam satu kesatuan wilayah yang membentuk kabupaten Ende, walaupun sebagian wilayah Lio di bagian timur masuk kabupaten Sikka. Beberapa wilayah Lio (yang juga didiami oleh masyarakat etnis Lio) di bagian timurnya menjadi bagian kabupaten Sikka. 

Dikisahkan dan diyakini oleh masyarakat suku Lio, bahwa pada mulanya ada delapan leluhur suku dan satu orang Ibu leluhur suku bersama kelompok kerabat mereka membentuk basis masyarakat dengan tradisi adat yang kuat yang kemudian diwariskan secara turun-temurun yang dikenal hingga kini sebagai tradisi adat Lio. Para leluhur Suku Lio itu datang dari seberang lautan yaitu dari Indocina dan mendiami Flores Tengah. Mereka masuk melalui Aewora. Mereka datang dengan membawa serta peradaban hidup dan keterampilan yang berbeda-beda; ada yang terampil berburu, ada yang mahir berlayar dan menangkap ikan, menanam padi ladang dan menenun. Selain itu ada juga kelompok lain yang datang ke Flores Tengah yang masuk dan menyebar melalui Wewaria. Mereka ini berasal dari Malaka di Semenanjung Malaysia yang membawa peradaban baru. Mereka sudah memiliki keteraturan lembaga sosio-politik dan budaya yang dipandang sebagai akar
peradaban dan budaya Lio.

Ada beberapa mitos yang mengisahkan tentang asal usul suku Lio. Ada mitos asli sebagaimana sebagian masyarakat Ende Lio menyakininya, nenek moyang mayarakat suku Lio berasal dari seberang lautan yang sangat jauh yaitu dari Indocina. Mereka datang dengan menggunakan perahu panjang dan mendiami Flores Tengah. Mereka masuk melalui Aewora. Mereka datang dengan membawa serta peradaban hidup dan keterampilan yang berbeda-beda; ada yang terampil berburu, ada yang mahir berlayar dan menangkap ikan, menanam padi ladang, menenun dan lain sebagainya. Selain itu ada juga kelompok lain yang datang ke Flores Tengah yang masuk dan menyebar melalui Wewaria. Mereka ini berasal dari Malaka di Semenanjung Malaysia yang membawa peradaban baru yang memiliki keteraturan lembaga sosio-politik dan budaya yang dipandang sebagai akar peradaban dan budaya Lio. Ada pula cerita lain mengatakan bahwa nenek moyang dari masyarakat etnis Lio berasal dari keluarga bangsawan dari Kerajaan Hindu Majapahit di Jawa.