Kawasan Taman Nasional Kelimutu terletak di wilayah Kabupaten Ende, Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan posisi geografis: 8°43’ - 8°48’ LS, 121°44’ - 121°51’ BT yang ditetapkan sebagai Kawasan Pelestarian Alam (KPA) berupa taman nasional karena adanya kondisi khusus seperti ekosistem yang unik/khas serta bentang alamnya yang masih asli (Danau Kelimutu). Sebagaimana tercantum dalam UU No. 5 Tahun 1990, fungsi kawasan konservasi adalah perlindungan sistem penyangga kehidupan, pengawetan keanekaragaman jenis tumbuhan dan satwa, serta pemanfaatan secara lestari sumber daya alam hayati dan ekosistemnya. Berdasarkan fungsi tersebut, maka Taman Nasional Kelimutu memiliki tugas untuk mempertahankan kondisi ekosistem kawasan agar tetap terlindung fungsi hidrorologisnya, melestarikan satwa dan tumbuhannya serta mengelola pemanfaatan potensi kawasan secara lestari.
Taman Nasional Kelimutu ditunjuk sebagai Kawasan Taman Nasional berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan, SK No. 279/Kpts-II/92 dengan luas ± 5.000 hektar. Pada tahun 1997 kemudian ditetapkan melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan dengan SK No. 675/Kpts-II/97 dengan luas 5.356,5 hektar. Luas kawasan Taman Nasional Kelimutu adalah 5356,50 ha dengan garis batas total sepanjang 48.423,44 m terdiri dari 241 pal batas hutan kawasan yang membatasi Taman Nasional dengan 24 desa di 5 wilayah kecamatan di Kabupaten Ende (Rekonstruksi Batas Kawasan Taman Nasional Kelimutu Kelompok Hutan Sokoria (RTK 52) Wilayah Kabupaten Ende Provinsi Nusa Tenggara Timur- Badan Pemantapan Kawasan Hutan Wilayah VIII Denpasar-Desember 2006).
Zonasi Taman Nasional Kelimutu
Kawasan Taman Nasional Kelimutu, terbagi 6 zona, yaitu dengan rincian sebagai berikut :
Zona Inti :
a. Luas : 1.818,78 Ha
b. Deskripsi :
- Mempunyai bentang lahan yang masih asli dan unik berupa keberadaan danau tiga warna yaitu Danau Kelimutu.
- Merupakan lokasi ekosistem endemik/ spesifik/ khas Kelimutu (ekosistem VR) yaitu, Vaccinium varingiaefolium dan Rhododendron renschianum, dan flora endemik TN Kelimutu Uta onga (Begonia kelimutuensis).
- Habitat dan juga lokasi sarang bagi satwa prioritas berupa Elang Flores (Nisaetus floris).
- Sebagai daerah tangkapan air (catchment area) untuk semua hulu sumber air yang berasal dari dalam kawasan TN Kelimutu.
- Merupakan habitat Fauna langka yang ada di TN Kelimutu.
Zona Rimba
a. Luas : 2.776,13 Ha
b. Deskripsi :
- Ekosistem di zona rimba TN Kelimutu adalah ekosistem hutan pegunungan yang berada diketinggian antara 1.000 - 1.700 meter dpl sebagai buffer untuk zona inti dari zona pemanfaatan
- Perlindungan terhadap zona inti khususnya sebagai penyangga zona inti dari zona pemanfaatan
- Mempunyai tutupan lahan yang masih sangat bagus dengan tipe vegetasi berupa hutan alam
Zona Rehabilitasi
a. Luas : 560,40 Ha
b. Deskripsi :
- Menambah tutupan lahan untuk menghambat akselerasi perambahan hutan dalam kawasan TN Kelimutu
- Mengurangi resiko kebakaran hutan untuk kawasan yang berbatasan dengan lahan masyarakat yang aktif
Zona Pemanfaatan
a. Luas : 184,42 Ha
b. Deskripsi :
- Zona Pemanfaatan Wisata Alam : berupa panorama 3 (tiga) danau kawah di puncak Kelimutu yang masing-masing memiliki warna yang dapat berubah, Arboretum (sebagai obyek wisata alam, pengembangan ilmu pengetahuan serta pendidikan konservasi), Camping ground dan jalur trekking Pos-Danau Kelimutu (Obyek wisata petualangan dan bird watching), Insektarium (sebagai obyek wisata pendidikan konservasi dan pengembangan ilmu pengetahuan), Jalur Trekking Desa Wologai Tengah menuju Danau Kelimutu (sebagai obyek wisata minat khusus trekking dan birdwatching serta pengembangan ilmu pengetahuan di bidang keanekaragaman hayati)
- Zona Pemanfaatan Jasa Lingkungan Air : berupa pemanfaatan air bagi kebutuhan Masyarakat Desa Penyangga yang tersebar pada 12 (dua belas) lokasi.
Zona Budaya
a. Luas : 6,98 Ha
b. Deskripsi :
- Kebo Konde : Jalur ini dilewati oleh masyarakat dari Kampung Toba ketika melakukan ritual Pu’u Kolo Kamba.
- Puncak Gunung Kelibara : Di atas puncak gunung Kelibara terdapat beberapa batu yang disebut Musu Mase, batu tersebut digunakan oleh masyarakat adat dari beberapa kampung suku Lio untuk meletakkan persembahan terhadap nenek moyang
- Maro Ata Laki : Maro Ata Laki, terletak di Desa Niowula. Mosalaki dari kampung Niowula melakukan ritual/ upacara adat yang dilaksanakan setiap bulan September dengan membawa persembahan.
- Pere Konde : Masyarakat suku Lio percaya bahwa Pere Konde adalah pintu masuk arwah ke Kelimutu.
- Misbah Pati'Ka : Batu Misbah berasal dari Danau Kelimutu, menurut masyarakat batu misbah merupakan tempat berkumpulnya para arwah sebelum memasuki danau
- Bu Ria : Bu Ria merupakan gunung yang tertinggi di antara 3 gunung (Bu Ria, Kelibara dan Kelimutu) di kelimutu dengan ketinggan 1.730 meter dpl
Zona Khusus
a. Luas : 9,80 Ha
b. Deskripsi :
- terdapat dua lokasi yang masuk dalam zona khusus berupa jalan masuk/ melintasi kawasan TN Kelimutu
- zona ini bertujuan mengakomodir kepentingan perlindungan dan pelestarian TN Kelimutu untuk pengaturan yang bersifat khusus
Kawasan Taman Nasional Kelimutu terbagi atas 6 resort dalam pengelolaannya, yaitu :
Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I Moni
Peta penutupan lahan Balai Taman Nasional Kelimutu terdiri atas beberapa klasifikasi areal, yaitu :
Konservasi Elang Flores (Nisaetus floris)
Sitroom Saoria: Kelimutu Dalam Genggaman Teknologi Industri 4.0
Gapelta Rest Area